Ještě koncem roku 1989 budoucí československý prezident Václav Havel připouštěl, že by se mohl stát hlavou státu jen na přechodné období a pak by jej vystřídal třeba symbol pražského jara 1968 Alexander Dubček. Havel se ale brzy stal hlavní postavou přechodu od totality k demokracii a podobné úvahy už nebyly na pořadu dne. Po prvním svobodných volbách se stal i podruhé prezidentem, Federální shromáždění jej do funkce zvolilo 5. července 1990.
Na rozdíl od volby v prosinci 1989, kdy ho díky úsilí Mariána Čalfy zvolil parlament plný komunistů jednohlasně, se napodruhé našli odpůrci. "Domnívám se, že je velice dobrým, výmluvným a pro svět přesvědčivým důkazem demokratičnosti mé volby, že se našlo 50 poslanců, kteří hlasovali proti mně," komentoval Havel výsledek, kdy pro něj hlasovalo 114 ze 139 přítomných členů Sněmovny lidu (SL) a 63 ze 72 přítomných poslanců české a 57 ze 73 poslanců slovenské části Sněmovny národů (SN).
Václav Havel tak získal třípětinovou většinu v obou komorách Federálního shromáždění. Československo bylo od roku 1968 federací a jeho parlament se skládal ze společně volené SL (v roce 1990 měla 150 členů, z principu v ní bylo více poslanců zvolených v české části státu) a SN. Sněmovna národů měla dvě části, v každé z nich se volilo po 75 poslancích. A v případě nejdůležitějších hlasování bylo potřeba získat podporu zvlášť mezi českými a zvlášť mezi slovenskými poslanci SN.
Tento princip, který měl zamezit jednoduchému přehlasování zástupců Slovenska, se ukázal být pro Václava Havla překážkou o dva roky později. Funkční období československého (a nyní i českého prezidenta) je sice tradičně pětileté, pro hlavu státu ustavenou v roce 1990 však platila výjimka. "Funkční období prezidenta, zvoleného po svobodných demokratických volbách do Federálního shromáždění v roce 1990, však bude trvat 24 měsíců," stanovil článek 62 ústavního zákona o federaci.
Odvrácená strana
Ne všechny Havlovy kroky ve funkci prezidenta republiky byly přijímané bez výhrad, kritiku si vysloužil už za rozsáhlou amnestii z počátku roku 1990. Stál u počátků státoprávních sporů v Československu, když v lednu 1990 bez předchozí politické konzultace navrhl poslancům vypustit z názvu republiky slovo "socialistická" a v podstatě odstartoval konflikt o název státu, známou "válku o pomlčku". Přesto však byla jeho autorita natolik silná, že v roce 1990 neměl rovnocennou alternativu.
Začátkem července tak bylo jasné, že ve Vladislavském sále Pražského hradu bude prezidentem Československa zvolen opět Václav Havel. Drobnou komplikací v očekávaném scénáři byl návrh Olgy Pavúkové ze Slovenské národní strany, která chtěla proti Havlovi postavit známého slovenského herce a v té době poslance SNS ve Slovenské národní radě Štefana Kvietika. Ten však svou kandidaturu odmítl a veřejně prohlásil, že podporuje dosavadního československého prezidenta.
Po parlamentních volbách o dva roky později však už byla situace výrazně odlišná. Prezident byl v politicky značně oslabeném postavení, u voličů totiž červnu 1992 propadlo Havlovi blízké Občanské hnutí (jeden z nástupců Občanského fóra) a vyměnila se politická reprezentace v obou republikách. Vítězné strany - Občanská demokratická strana vedená Václavem Klausem a Hnutí za demokratické Slovensko (HZDS) Vladimíra Mečiara - začaly jednat o dalším osudu společného státu jen mezi sebou.
V létě 1992 pak slovenská část Sněmovny národů zablokovala Havlovo znovuzvolení. Zatímco ve Sněmovně lidu ve druhém kole prošel a potřebnou většinu dvakrát získal i v české části SN, ve slovenské komoře pro něj hlasovaly v obou kolech jen zhruba dvě desítky poslanců. A to zdaleka nestačilo. Havel poté abdikoval a následné dělení Československa se odehrálo bez jeho asistence. Již záhy po vzniku samostatné ČR v roce 1993 se ale vrátil do nejvyšší státní funkce, v níž zůstal ještě dalších deset let.
